王朝的重心是十八个行省，因为地处从长城沿线到海南的广袤而低矮平原，相对于高原边疆得名“内地”。又因为清王朝崛起于塞外东北的白山黑水，以山海关为界，将十八个行省称为“关内”，而称东北为“关外”。清王朝长期禁止关内百姓向关外移民。

这十八个行省分别为：直隶（今河北）、山东、山西、河南、陕西、甘肃、湖南、湖北、安徽、江苏、浙江、江西、福建（含台湾）、广东（含海南）、广西、四川、云南、贵州，疆界与现行省份大体相同。其行政体系主要是省、府、县三级。

行省以总督或巡抚为最高长官，其下有布政使、按察使、学政、将军、提督。每省共有六或七位省级长官。

总督、巡抚开始于明代，单省设抚，跨省设督，监督地方军政要务、钦派处理重大事情。这原本是京官的兼职，是临时的差使，并非正式地方官。随着督抚越派越多，在地方揽权越来越深，在明末俨然成了地方实质长官。

清代默认了这一趋势，正式设置直隶、两江、陕甘、闽浙、湖广、两广、云贵、四川八位总督。直隶总督拱卫京畿，位居要害，被视为各督之首。次重要的是两江总督，管辖江苏、安徽、江西三省，驻扎江宁（今南京），执掌东南膏腴之地。陕甘总督管辖甘肃、陕西，驻扎兰州；闽浙总督管辖福建、浙江，驻扎福州；湖广总督管辖湖北、湖南，驻扎武昌；两广总督管辖广东、广西，驻扎广州；云贵总督管辖云南、贵州，驻扎昆明。四川总督仅管辖四川一省，驻在成都。

总督又称制台、制军、制宪、督宪等，由元老重臣担任，个别人以内阁大学士的荣衔兼任总督。惯例，清代总督常兼都察院右都御史和兵部尚书两个职位。这样就赋予了他们监察地方、纠劾百官以及指挥地方军队的权力，品级也从正二品升为从一品。此外，总督往往还兼有提督军务粮饷、督办河道水利、办理操江盐政等差使。这些都是为了工作方便而加的兼差，客观上极大地扩张了总督的实权。

总督有直属部队，有数营规模，兵员从千余人到几千人不等，称为“督标”，有从副将、参将到把总不等的直属军官。

各省还设有巡抚。虽然八位总督都有所驻省份的巡抚兼职，但除了直隶、四川以外的六位总督并不总是兼任巡抚，所以除了直隶、四川两省外，其他省通常都有专职的巡抚。

“抚”字透露出巡抚以安抚百姓为主，主管民政。惯例，巡抚兼都察院右副都御史和兵部侍郎两个职位，拥有监察和军事权力，品级就从从二品升为正二品。中期以后，巡抚常常兼任提督，并加兼理粮饷衔，因此有权节制本省汉族军队。巡抚也有直属军队，兵员从数百人到三千人不等，名为“抚标”，直属军官最高为参将。巡抚又称抚台、中丞、抚院、抚军等。

总督、巡抚在法律互不统属，都直接向皇帝负责，且在职权上各有侧重。清初设置总督，倾向于督率军队镇压地方，所以总督的职权偏向军事。承平日久，军队无事，总督逐渐侵吞巡抚行政实权，甚至有强势总督把巡抚、布政使等省级长官当做属官下僚来吆喝驱使的。这点在同城的督抚中尤其明显。与所辖总督不在同一省份的巡抚，则权限较大，比如浙江巡抚就不怎么受闽浙总督的压制。另外，江苏巡抚不驻扎省城江宁，而是驻在苏州，避免了与两江总督同城进而遭致权限削弱。

除了直属部队的军官外，总督、巡抚衙门没有其他属官，只有书吏。

清朝总督、巡抚职位最初几乎由满族人垄断，中期后汉族官员崛起，开始成为督抚职位的主流。太平天国运动后，督抚职位转而一度为汉族人所垄断。

具体办理一省政务的是承政布政使司和提刑按察使司。长官分别是布政使和按察使。前者负责民政、财务和人事，后者负责司法和监察。

布政使又称藩台、方伯，保留了宋代安抚使、转运使等的遗迹，名称始于明代，是名义上的一省最高地方官。在清朝，布政使位居督抚之下、按察使之上。除了江苏省有江宁、苏州两位布政使、分驻两地外，其他省份都只有一位布政使，驻扎省城。

布政使例由按察使升任，自身的上升空间为他省巡抚和中央的太常寺卿、光禄寺卿、太仆寺卿。

布政使司内设有经历司，负责文书档案，属官有经历、都事；照磨所，负责行政审查，属官有照磨；理问所，负责堪核刑名，属官有理问。此外还有库大使或仓大使，负责布政使司官库（藩库）的收支出纳。

按察使又称臬台、廉访，也有宋代提刑官的遗迹，名称也始于明代。按察使的司法权限其实很有限，重大案件要和布政使商议，由督抚定夺。监察权更是被督抚侵夺殆尽。按察使例由盐运使、道台升任，自身的上升空间为布政使和中央的大理寺少卿、通政副使。按察使司内设有经历司，属官有经历、知事；照磨所，属官有照磨。职掌都与布政使司相同。另有司狱司，属官有司狱，负责监狱事务。

话说巡抚的权力虽然受到总督的侵吞，可布政使、按察使的权限被巡抚侵夺得更加厉害。巡抚轻易就能插手布政使、按察使的政务。布政使手中的人事权（提名本省官职），分量不轻，在实践中却操于巡抚之手。本应与巡抚各司其责的布政使（二人都是从二品），退化成了巡抚的副手甚至助理。

布政使和按察使各有辅佐官员：参政、参议；副使、佥事，分派监督一个或者多个州府的政务。布政使派遣的称分守道，按察使派遣的称分巡道。分守道侧重钱粮事务，分巡道侧重刑名司法，二者往往兼兵备道之名，有权指挥辖区驻军。在实践中，分守道与分巡道职权并无细分、交叉融合，都负责全面政务，从派遣官员逐渐化为地方实职，俗称道员、道台。因为有监察府县之权，各道又得名“监司”，或雅称“观察”。

道台的出现，使得地方政区多了“道”的一级，成了四级。地方文书申报程序是县申府、府申道、道申两司、两司申督抚。各省常有三四位地方道台，此外还有负责特定事务的道员，比如海关道、漕粮道、盐法道、河道等。除了有些道设置了库大使或仓大使外，道台衙门没有属官，只有书吏。

道台例由给事中、御史转任或由知府升任，自身的上升空间为按察使和鸿胪寺卿、太常寺少卿、光禄寺少卿、太仆寺少卿、通政使司参议。

省级长官中最超脱的是学政，全称是“提督学政”，是朝廷分派京官掌管各省科举、学校，督查教职的官员。学政的品级根据京中原官而定，从二品到六七品皆有。一般由翰林院或进士出身的京官担任，编撰、编修出任学政的为数最多。学政算是不折不扣的在地方办差的京官，职权单一，责任较轻，所以在同僚中能够洒脱超然。但是作为省级官员，涉及全省重大事宜，学政有权参加会商。督抚藩臬也要征询学政的意见。

另一位超脱的高官是将军。将军是八旗驻军最高长官，职权单一，也算是派驻地方的中央将军，旗籍仍在中央。将军、学政虽然在省级“班子”里面，但遇到钦差大臣来查办地方问题，为了避嫌，钦差不会与督抚藩臬联系，却可以与将军、学政寒暄交往——因为学政和将军理论上还是京官。